Dalam rangka pengembangan jejaring dan kemitraan, Stipar Ende mengadakan beberapa
kerjasama yang tertuang dalam nota kesepakatan dan Surat Keputusan baik dengan pihak-pihak di
dalam negeri maupun di luar negeri. Kerjasama dilakukan oleh Stipar Ende meliputi bidang
pendanaan, pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat (PkM) untuk meningkatkan
daya saing dan keunggulan institusi. Ada 3 Bentuk Kerja sama yang dilakukan oleh STIPAR Ende diantaranya adalah:

1. Kerja sama pada level internasional dilakukan melalui Keuskupan Agung Ende sebagai pemilik Stipar Ende dengan Vicariat Roma untuk kepentingan studi lanjut dosen-dosen Stipar ke jenjang S3 serta bantuan dana penelitian disertasi (2016 hingga saat ini), Global Fund (2013-2023), Caritas Jerman (2011-2023) dan Migran Desk Keuskupan Agung Kota Kinabalu (2018-2019) berkaitan dengan pengabdian kepada masyarakat, dan Catholic Diocese of Darwin (2019) berkaitan dengan KKN mahasiswa.
2. Kerja sama pada level nasional dilakukan dengan Ditjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI dalam urusan pendanaan (bantuan operasional pendidikan, peningkatan kualitas dan mutu dosen, tenaga kependidikan dan mahasiswa, beasiswa bagi mahasiswa dan beasiswa studi lanjut S3 untuk 2 orang dosen, bantuan penelitian dosen, sarana prasarana); kerja sama dengan LPM Unika Atma Jaya Jakarta dalam rangka pendampingan SPMI dan pelatihan Auditor serta revisi pedoman kurikulum tahun 2018; kerja sama dengan Universitas Udayana Denpasar dalam rangka pelatihan tenaga kependidikan Juli 2019 berkaitan dengan tenaga teknis pada SPMI, Adminitrasi kependidikan, perpustakaan dan pengabdian kepada masyarakat; kerja sama dengan PT. Prima Cipta Teknologi Malang dalam hal pelatihan, pembelanjaan aplikasi SIAKAD dan pemeliharaan lanjutan sejak tahun 2018 hingga saat ini; dan kerja sama dengan Keuskupan Denpasar cq. Paroki St. Maria Bunda Segala Bangsa Nusa Dua Denpasar dalam hal pelaksanaan KKN mahasiswa sejak 2018 hingga saat ini.
3. Kerja sama pada level lokal. Stipar melaksanakan kerja sama dengan Pusat Pastoral KAE berkaitan dengan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat (2017 hingga saat ini); Komisi Komunikasi Sosial KAE sejak 2017 hingga saat ini dalam rangka praktikum mahasiswa; dengan sekolah-sekolah (SD, SMP, SMA/SMK) sebanyak 19 lembaga berkaitan dengan pelaksanaan praktik mengajar mahasiswa sejak tahun 2017; dengan paroki-paroki sebagai tempat pelaksanaan KKN mahasiswa, dengan rincian: tahun 2017 sebanyak 31 paroki (3 di Flores Timur, 6 di Sikka, 12 di Ende, 6 di Nagekeo dan 4 di Ngada), tahun 2018 sebanyak 47 paroki (3 di Flores Timur, 7 di Sikka, 22 di Ende, 10 di Nagekeo dan 5 di Ngada), tahun 2019 sebanyak 48 paroki (2 di Flores Timur, 7 di Sikka, 23 di Ende, 10 di Nagekeo dan 6 di Ngada), dengan Desa Aekipa berkaitan dengan pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat. Selain itu, ada kerja sama dengan Perpustakaan Daerah Kabupaten Ende serta Perpustakaan BBK Ende dalam rangka perpustakaan untuk kepentingan studi mahasiswa; juga dengan BRI cabang Ende dalam urusan pembayaran keuangan sekolah secara online.